本県では、爬虫類約50種、両生類約20種が生息しています。爬虫類では、久米島の河川に生息するキクザトサワヘビのような特異な種がいるほか、本県はアカウミガメなどウミガメ類の重要な産卵地となっています。また、キノボリトカゲ類やトカゲ属、ハブ類のように地域的に種分化した種が多いことは本県の爬虫類の特長です。両生類では、沖縄島北部に多くの渓流性カエルが生息するほか、ハナサキガエル類では地域的な種分化が知られており、沖縄島北部にハナサキガエルが分布するほか、石垣島や西表島では、低地を含めてオオハナサキガエルが広く生息し、一部の山地にはコガタハナサキガエルが生息しています。本県に生息する爬虫類、両生類の多くは絶滅のおそれのある種に選定されています。

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